Do vị trí nằm ở phía bắc của Nam Mỹ, sông Magdalena từ thời kỳ tiền Colombo đã là một tuyến đường hướng đến vùng nội địa của khu vực nay là Colombia và Ecuador. Người Carib có thể đã đến, cũng như các nền văn hóa khác từ Trung Mỹ.

Tương tự như vậy, các conquistador người Tây Ban Nha đã đến khu vực mà nay là Colombia từ thế kỷ 16 và sử dụng dòng sông để đến vùng nội địa hoang dã và núi non sau khi Rodrigo de Bastidas khám phá và đặt tên cho sông vào ngày 1 tháng 4, 1501. Trong thời gian thực dân Tây Ban Nha, sông chỉ là tuyến giao thông giữa Bogotá với cảng bên bờ Caribe là Cartagena de Indias và do đó là với châu Âu.

Năm 1825, Quốc hội Colombia đã quyết định nhượng quyền thiết lập ngành tàu thủy hơi nước trên sông Magdalena cho Juan Bernardo Elbers,[8] nhưng công ty của ông đã đóng cửa sớm sau đó. Năm 1845, các tàu hơi nước thường xuyên đi lại trên sông[9] cho đến 1961, khichieescs tàu hơi nức cuối cùng ngừng hoạt động.[8]